Genchip 샘플 정리 모듈 문제 해결

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지난 몇 시즌 동안 일부 사용자가 Genchip의 샘플 세척 모듈에서 버그를 발견했습니다. 이 문제는 여러 가지 이유로 발생합니다. 아래에서 그룹을 검토하겠습니다.

청소 예 – 보조 재료 모듈

GeneChip 발현 분석을 위한 표준화된 분석 및 시약(pdf, 3.02MB)

지침이 있는 기술 발현 분석, 하이브리드화, 세척 및 염색 키트와 함께 사용하기 위한 특정 표준(pdf, 1.70MB)

거주지원 서비스DNA 칩에 대한 문서제품 지원이메일|서두르다

Affymetrix는 정당한 이유에서 네덜란드 기업 Qiagen과 공동 개발한 GeneChip 샘플 정리 구성 요소를 강조합니다. 이 키트는 GeneChip 레이저 가이드와 함께 작동하도록 설계되었으며 샘플 준비를 표준화하고 “사용자가 개별 제조업체에서 직접 주문해야 하는 유사한 시약의 수를 제어”하는 것을 추가로 단순화하도록 설계되었습니다. pro 치아 미백 키트에는 새로운 더 작은 부피로 음식을 용출할 수 있는 정통 cRNA 스핀 미소, 특정 용출 부피를 최대화하는 버퍼 및 cDNA 스핀 컬럼의 모든 제거가 포함됩니다. 컬럼 회전 그러나 버퍼는 샘플 준비 시간을 줄이기 위해 설계되었습니다. 리틀은 뇌와 간에서 신장, 전립선, 피부, 혈액, 백색 과잉(지방) 및 기타 세포주에 이르기까지 다양한 디자인 유형에 대해 독점적인 키트를 테스트했다고 말했습니다.

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매트릭스 분석 및 제거 프로토콜 제공

제목: CEL 테스트. 설명:

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  • 생물검정_데이터_변환

    제목: Affymetrix CHP 분석(ExpressionStat). Colspan=”2″>
    genechip 선택 정리 모듈

    제목: 설명:

    혼성화

    태그

    genechip try out cleanup module

    전체 인간 뇌 RNA(Clontech)를 제출한 다음 제조업체의 지침(Ambion)에 따라 RNASecure에 재현탁했습니다. 범용 개인 참조 RNA(Stratagene)를 EtOH 전체에 배치한 다음 재현탁된 RNase 또는 완전 유리 dH2O에 배치했습니다. OD260은 RNA concours를 결정하기 위해 읽을 수 있는지 확인하는 것으로 보입니다. Agilent Bioanalyzer/RNA 6000 Nano Was 칩은 순환하는 RNA를 확인하는 데 사용됩니다. OD260/280 뇌에 대한 진지한 비율과 참조 RNA는 각각 1.34와 1.98로 발전했습니다. 표준 Affymetrix 프로토콜을 생성하기 위해 6×10μg 연결된 뇌 참조 RNA가 표지되었습니다. 포트 이중 가닥 cDNA는 프라이머 T7-(dT)24(Affymetrix 900375) 및 SuperScript Choice 시스템을 사용하여 cDNA 합성(Invitrogen 18090-019)을 사용하여 10 μg의 RNA로부터 합성되었습니다. 이중 복합 cDNA는 GeneChip 샘플 정제 모듈(Affymetrix, 900371)을 사용하여 정제되었습니다. Biotinylated cRNA는 Enzo Bioarray High Throughput RNA Labeling Log Kit(Affymetrix 900181)를 사용하여 합성되었습니다. 라벨이 붙은 cRNA는 IVT cRNA Cleanup twirl 컬럼에 이어 GeneChip Sample Cleanup 모듈(Affymetrix)의 시약을 사용하여 정제된 것으로 보입니다. 정제된 cRNA는 GeneChip 샘플 정제 모듈에서 단편화 버퍼의 도움으로 35분 동안 94°C 내에서 이미 단편화되었습니다. 모든 cRNA의 수율은 UV 분광기를 사용하여 결정되었습니다. 제거로 인한 각각의 기여도와 표지되지 않은 총 RNA(예: 리보솜 RNA)에 대해 농도를 설정했습니다. 각 조건에 대해 평균 농도와 표준 변형이 계산되었습니다.

    태그

    총 개인 회백질 RNA(Clontech)는 EtOH에 배치된 것으로 보이며 제조업체의 지침(Ambion)에 따라 RNASecure에 재현탁될 가능성이 있습니다. Universal Human Reference RNA(Stratagene)를 EtOH와 결합하여 보낸 다음 RNase가 없는 dH2O.OD260에 재현탁하여 RNA를 가리키는 농도를 결정하기 위해 판독합니다. Agilent Bioanalyzer/RNA 6000 Nano Was 칩은 RNA의 품질을 찾는 데 사용됩니다. OD260/280, 종종 뇌 및 참조 RNA의 비율은 각각 1.34 및 1.98이었습니다. MessageAmp aRNA 키트(Ambion)를 사용했습니다. 원래 RNA의 개별 μg에서 cRNA를 합성합니다. RNA는 결국 oligo-dT 프라이머 및/또는 단순 T7 RNA 중합효소 보조기를 사용하여 전사되었습니다. 첫 번째 가닥이 생성된 후 반응은 RNase H로 처리되어 각각의 mRNA를 작은 조각으로 잘라냅니다. 이 작지만 성공적인 RNA 단편은 두 번째 가닥 합성 동안 프라이머로 지원되며, 이에 의해 이 반응은 전사를 위한 매우 이중 가닥 cDNA 주형을 생성합니다. 오염된 rRNA, 프라이머용 mRNA 단편도 제거한 다음 cDNA 변종을 제안에 사용하여 시험관 내 전사 반응을 통해 신선한 제품에서 선형 증폭된 cRNA로 되돌렸습니다. cRNA는 비오틴-11-CTP(Perkin Elmer Life Sciences, NEL-542) 및 비오틴-16-UTP(Perkin Elmer Life Sciences, NEL-999)로 분류되는 것으로 나타났다. 정제된 cRNA는 각각의 GeneChip 샘플 정제 모듈을 수행하는 단편화 완충액을 사용하여 35분 동안 적합한 94℃에서 단편화되었다. cRNA의 수율은 UV 분광계를 사용하여 결정되었습니다. 농도는 리보솜 RNA와 같은 레이블이 지정되지 않은 전체 RNA에 연결된 제거에 대한 정기적인 기여를 위해 조정되었습니다. 평균 농도와 표준 큰 차이는 조건부로 계산되었습니다.

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