Solução De Problemas Do Módulo Genchip Sample Cleanup

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Nas últimas semanas, alguns de nossos usuários encontraram um bug no módulo de limpeza de design do Genchip. Esse problema ocorre por vários motivos. Analisaremos as pessoas hoje abaixo.

Exemplo de limpeza – Módulo de materiais auxiliares

Ensaios padronizados mais reagentes para análise de expressão GeneChip (pdf, 3,02 MB)

Análise de expressão técnica com orientação, protocolos explícitos para uso com seu kit de hibridização, lavagem e coloração (pdf, 1,70 MB)

residênciaServiço de suporteDocumentação em chips de DNASuporte ao produtoE-mail|pressa

Affymetrix apresenta seu módulo de limpeza de amostra GeneChip, que foi desenvolvido em conjunto com a empresa holandesa Qiagen por um bom motivo típico. O kit foi projetado para fornecer os resultados com orientação a laser GeneChip e, veja bem, o teste foi projetado para facilitar e padronizar a preparação de amostras “c reduzindo adicionalmente o número de reagentes simultâneos que os usuários devem solicitar diretamente de diferentes fabricantes”, o marca diz. O kit inclui uma autêntica coluna girada de cRNA que pode eluir alimentos com um volume menor, um tampão no qual otimiza um volume de eluição específico, mas também a eliminação do conteúdo de spin de cDNA. Rotação da coluna No entanto, os tampões são formados para reduzir o tempo de preparação da amostra. A empresa disse que testou cada um de nosso próprio kit em uma variedade de tipos de amostras, de cérebro e fígado trabalhador a rim, próstata, pele, sangue, gordura de cor branca (gordura) e outras frases celulares.

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Análise de matriz e protocolo de eliminação de recursos

Título: Análise CEL. Descrição:

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  • bioensaio_dados_conversão

    Título: Análise Affymetrix CHP (ExpressionStat). Colspan=”2″>
    genechip piece cleanup module

    Título: Descrição:

    Hibridização

    Marcar

    genechip samples cleanup module

    Enviado RNA humano completo (Clontech), depois ressuspenso em RNASecure de acordo com as instruções do fabricante (Ambion). O RNA de referência humano universal (Stratagene) foi estabelecido em EtOH, depois em RNase ressuspensa e dH2O completamente livre. O OD260 entra em cena para ser lido para determinar a concentração de RNA. O chip Agilent Bioanalyzer/RNA 6000 Nano Was é usado para examinar o RNA circulante. OD260/280 O coeficiente considerando cérebro e RNA de referência costumava ser 1,34 e 1,98, respectivamente. 6×10 μg relacionados ao RNA de referência do cérebro foram agrupados usando o protocolo Affymetrix padrão. O cDNA de fita dupla terminal foi sintetizado totalmente a partir de 10 μg de RNA usando o primer T7-(dT)24 (Affymetrix 900375) e designs SuperScript Choice para síntese de cDNA (Invitrogen 18090-019). O cDNA de pasta dupla foi purificado usando cada Módulo de Purificação de Amostras GeneChip (Affymetrix, 900371). O cRNA biotinilado foi sintetizado usando alguns Enzo Bioarray High Throughput RNA Labeling Log Kit (Affymetrix 900181). O cRNA rotulado foi purificado usando colunas de rotação IVT cRNA Cleanup seguidas de reagentes causados ​​pelo elemento GeneChip Sample Cleanup (Affymetrix). O cRNA purificado foi fragmentado até agora a 94°C por 35 minutos curtos usando o tampão de fragmentação normalmente no módulo de purificação de amostras GeneChip. O retorno de cRNA foi determinado usando este espectrômetro UV. As concentrações foram definidas para a contribuição para a eliminação causada no RNA total não marcado, por exemplo, RNA ribossômico. Para cada condição, a média correta e a variante padrão foram calculadas inicialmente.

    Etiqueta

    O RNA total de matéria cinzenta humana (Clontech) foi colocado em EtOH e acompanhado de ressuspensão em RNASecure de acordo com as instruções do fabricante (Ambion). A fala humana universal sobre RNA (Stratagene) foi enviada em EtOH e depois ressuspensa em dH2O livre de RNase. OD260 foi lido para determinar a atenção do RNA. O chip Agilent Bioanalyzer/RNA seis mil Nano Was é usado quando você precisa verificar a qualidade do RNA. OD260/280, a proporção de cérebro e um RNA modelo foi de 1,34 e 1,98, correspondentemente. O kit de aRNA MessageAmp (Ambion) poderia ter sido usado para sintetizar cRNA a partir de um único μg do RNA original. O RNA foi transcrito usando um primer de tinta oligo-dT e um promotor T7 RNA polimerase simples. Depois que a primeira fita é sintetizada, a reação será fabricada pela RNase H para cortar cada um de nossos mRNAs em pequenas partes. Essas partículas de RNA pequenas, mas bem-sucedidas, serviram como primers durante a ação da segunda fita, onde essa reação geraria o modelo de cDNA de fita dupla perfeito para transcrição. O rRNA contaminante, os fragmentos de mRNA também devido a primers foram removidos e todo o arranjo de cDNA foi então usado em uma reação final de transcrição in vitro de acordo com o cRNA amplificado linearmente de ofertas frescas. O cRNA foi classificado com biotina-11-CTP (Perkin Elmer Life Sciences, NEL-542) ou biotina-16-UTP (Perkin Elmer Life Sciences, NEL-999). O cRNA purificado foi fragmentado a 94°C por 35 minutos usando barreira de fragmentação em cada elemento de purificação de amostra GeneChip. O rendimento de cRNA foi resoluto usando um espectrômetro UV. As concentrações foram ajustadas para contribuição atual muito própria para a remoção de RNA total não marcado, como o RNA ribossômico. A concentração média e o desvio comum foram calculados condicionalmente.

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